除了調整總預算案外，賴清德上任後更加碼喊出要為軍公教調薪3%，成為未來政府需要新增負擔的歲出項目。
預算中心報告指出，我國中央政府債務未償餘額在民國80年底為2,647億元，102年底突破5兆元的門檻，預估在107年底將達到5兆6,957億元的未償債餘額數目，此數字在20多年來增加20倍。
預算中心分析，經常性財政赤字與頻繁提出排除上限的特別預算案，這兩者是近年中央政府債務會持續增加的主要原因。今年政府再次通過前瞻基礎建設第一期的預算案，使債務繼續向上累積。
預算中心報告表示，近年中央政府的特別預算案都發生為數不低的短絀，98、99年度皆短絀超過2,000億元，95、97、100年度則是都短絀超過1,000億元，目前預計在106與107年度仍會有1,490億元與1,958億元的短絀情形。預算中心報告認為，此可顯見中央政府財政收支已非屬循環性赤字，而在長期漸趨向結構性赤字發展。
然而，政府頻頻以舉債方式，採用擴張性的財政政策來刺激景氣成長，但細看近20年我國GDP成長幅度，於80年時GDP為4兆7,353億元，而107年GDP預估將為17兆7,881億元，僅增加2.76倍，該報告認為此漲幅相當有限。
此外，預算中心報告也提到，未來我國將進入邁入高齡化與人口負成長社會，未來世代負擔恐加重，政府將來再舉債時，應審慎評估其帶動經濟的成長動能幅度，同時強化中央政府的債務管理。
政大金融系教授殷乃平指出，過去各國政府採用貨幣政策的效果漸弱，多回頭來採用財政政策，導致中央政府債務增加成為全球目前的趨勢。面對不斷向上攀升的債務，公債法的上限限制僅有消極的約束力，政府應積極從事開源節流，促使財政健全。
殷乃平建議，政府未來針對政策效果必須對大眾有更清楚的說明，例如可望增加國民所得多少、或是此債務何時可以償還、改善等，「應該要有一個論述出來」。
根據立院排程，賴清德在10月中旬率領行政團隊赴立院列席，針對「107年度中央政府總預算案」及「107年度至108年度中央政府流域綜合治理計畫第3期特別預算案」兩案進行報告與接受朝野立委質詢後，財委會將通函各委員會陸續啟動各項預算案的審查程序。
